Las piezas que conforman la colección precolombina, provienen de varias zonas del país, las cuales  para efectos de la investigación, se han subdividido en 3 regiones arqueológicas llamadas: Gran Nicoya, Central – Pacífica, Gran Chiriquí, las cuales van más allá de los límites políticos actuales, incluyendo algunos sectores de Panamá y de Nicaragua con los que históricamente se han compartido características culturales y que junto con el norte de Sudamérica conforman una unidad espacial más amplia denominada Área Intermedia.

Las regiones comparten semejanzas en forma y desarrollo social y cultural que se reflejan en los vestigios materiales dejados por las sociedades precolombinas; evidenciando un desarrollo propio según su región de procedencia.