Por la resistencia de la piedra a los factores ambientales, es posible contar en la colección con numerosos artefactos de este material. La elaboración de herramientas de trabajo, llevó a los grupos sociales a modificar la forma de algunos de los implementos, a incluir nueva materia prima como rocas volcánicas y sedimentarias (andesitas, lavas, lutitas).  Al tallar estas rocas surgieron implementos agrícolas tales como manos para moler, metates, machacadores, pulidores, cinceles y hachas.

Se implementaron otras técnicas de trabajo en piedra, como el picado y pulido. Sin abandonar el legado de manufactura utilizada durante el período paleoindio, enfatizando en la escultura en bulto a partir de bloques, o en el pulido con arenas abrasivas de cuarzo o minerales de gran dureza.  En estas sociedades agrícolas se esculpieron figuras que representaban diferentes seres y personajes importantes dentro de la cosmovisión del grupo social.